Merikotkan keskeisille lisääntymisalueille on suunnitteilla useiden satojen tuulivoimaloiden hankkeita. Yhteentörmäyksien välttämiseksi WWF on päivittänyt ohjeen siitä, miten merikotkan esiintyminen tulee ottaa huomioon myllyjen sijoituspaikkoja pohdittaessa. Ohje on tarkoitettu energiayhtiöiden, suunnittelijoiden, kaavoittajien ja ympäristöviranomaisten käyttöön.
Uudenkaupungin seudulla ja saaristossa on merikotkia, jotka määrätietoisen suojelutyön ansioista ovat täällä lisääntyneet. Ohjeen laatinut WWF:n merikotkatyöryhmä on toiminut vuodesta 1973. Työryhmän aloittaessa toimintansa merikotkan poikasia kuoriutui vain viisi. Viime vuonna kuoriutui ennätykselliset 449 poikasta.
Huonosti sijoitettu tuulivoimarakentaminen voi olla kohtalokasta merikotkan kaltaisille suurille petolinnuille. Arviota tukevat ulkomailta saadut kokemukset. Suomen tavoitteena on moninkertaistaa tuulivoiman tuotantokapasiteetti seuraavien kymmenen vuoden aikana.
Tuulivoimarakentaminen keskittyy rannikkoseuduille eli merikotkan esiintymisalueille, siis myös Uuteenkaupunkiin. On erittäin tärkeää, että merikotkareviirit hankealueilla selvitetään ja huomioidaan jo tuulivoimaloiden suunnitteluvaiheessa.
WWF:n ohjeen mukaan merikotkan pesän ympärille tulee jättää vähintään kahden kilometrin suojavyöhyke, jolle ei rakenneta tuulivoimaloita. Pesän sijainnin lisäksi tuulivoimaloiden sijoittelussa tulee huomioida myös pesivän merikotkaparin säännölliset saalistusalueet ja lentoreitit.