Varsinais-Suomen liitto esittää, että toiseen tukialueeseen tulee sisällyttää Varsinais-Suomen saaristokunnat ja -osakunnat. Saaristo-osakunniksi lasketaan Uudenkaupungin Pyhämaa, Lepäinen ja Kittamaa.
Varsinais-Suomen liiton mielestä saaria ja niiden erityisolosuhteita ei ole huomioitu tukialueiden määrittelyssä. Saariston rakenteelliset tekijät kuten esimerkiksi harva asutus, syrjäinen sijainti, pitkät matka-ajat, riippuvuus yhteysaluksista tai lauttaliikenteestä ja alkutuotantovaltainen tuotantorakenne tuovat haasteita yritysten kehittämiselle. Lisäksi Saaristomeri on Suomen rannikon heikkokuntoisin alue.